Alignement multiple progressif, alliant stratégies globale et locale
Abstract
Malgré l'efficacité croissante des programmes d'alignement multiple, ClustalW reste l'algorithme le plus utilisé de par son bon compromis entre temps de calcul et précision. Nous proposons de développer un algorithme progressif de type Clustal en y ajoutant les avantages d'une stratégie mixte, c'est-à-dire alliant locale et globale. Pour cela, nous introduisons la classification pyramidale au lieu du Neighbor-Joining, pour remplacer l'arbre de guidage. Un exemple simple est utilisé pour illustrer cette nouvelle méthode.